La tredicesima stagione è divisa in due parti: la prima si intitola Saga di Impel Down (インペルダウン篇 Inperu Daun hen?) e raggruppa gli episodi dal 422 al 458 e la seconda si intitola Saga di Marineford (マリンフォード篇 Marinfōdo hen?) e raggruppa gli episodi dal 459 al 516[1]. La prima è ambientata ad Impel Down, la grande prigione dove Monkey D. Rufy si infiltra aiutato da Boa Hancock per cercare di salvare suo fratello Portuguese D. Ace. La seconda è ambientata a Marineford, la roccaforte della Marina dove Monkey D. Rufy si reca per cercare di salvare suo fratello Portuguese D. Ace.
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