La sesta stagione è divisa in due parti: la prima si intitola Isola nel cielo: saga di Skypiea (空島・スカイピア篇 Sorajima: Sukaipia hen) e raggruppa gli episodi dal 144 al 173, mentre la seconda è intitolata Isola nel cielo: saga della campana d’oro (空島・黄金の鐘篇 Sorajima: ōgon no kane hen) e comprende gli episodi dal 174 al 195. In essa la ciurma di Cappello di Paglia riesce da Jaya a giungere a Skypiea, l’isola nel cielo, e qui si scontra con Ener e i suoi seguaci
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